Leczenie wodogłowia zależy przede wszystkim od przyczyny wodogłowia. Farmakoterapia polega na stosowaniu leków obniżających ciśnienie wewnątrzczaszkowe tj. mannitol, furosemid, izosorbid czy acetazolamid.
Przy zmianach w obrębie ziarnistości pajęczynówki stosuje się zabieg chirurgiczny obejmujący usunięcie brodawczaka wraz z splotem pajęczynówki. Możliwość operacji powinna być także rozważona przy zmianach nowotworowych. W przypadku wodogłowia zamkniętego zakładany jest drenaż zewnętrzny w postaci zastawki komorowo-otrzewnowej odprowadzający nadmiar płynu mózgowo-rdzeniowego do jamy otrzewnej. Zapobiega to powikłaniom w postaci wgłobienia i śmierci mózgu.